国診協は、議決機関である総会と執行機関である理事会により運営されています。総会は、正会員によって構成され、定例的に開催しています。
理事会は、理事によって構成され、年2回定例的に開催しています。

役員は、会長1名、副会長3名以内、常務理事8名以内、理事(会長、副会長及び常務理事を含み40名以内)、監事2名です。

国診協の事業を推進するため各種の委員会・部会を置くとともに沖縄県を除く都道府県に協議会を設置しています。
以上については、国診協組織図をご覧ください。

• 国診協組織図